2010年8月，人力资源和社会保障部联合全国博士后管理委员会批准我院设立博士后科研工作站（人社部发〔2010〕60号）。我院与中国科学院大学、中国石油大学（北京）、中国地质大学（武汉）、北京林业大学、重庆大学等10余所高校流动站建立联合招收合作机制，累计招收培养博士后37名。博士后在站期间获中国科协青年人才托举工程、香江学者计划、中国博士后基金特别资助、留学归国创新创业项目、重庆市博士后研究项目特别资助等国家、省部级人才资助50余项。

院建立了博士后导师专家库，目前在库导师26名（客座导师2名），其中包括国务院特殊津贴获得者、自然资源部科技领军人才、重庆市有突出贡献的中青年专家、重庆市学科带头人、重庆市百名工程技术高端人才、重庆市科技创新领军人才、重庆市技术技能领军人才等省部级科技名号人才。